La culturomique microbienne intestinale identifie Shigella associée à l'autisme et révèle un remodelage au niveau des espèces lors de la transplantation de microbiote fécalGut microbial culturomics identifies autism-associated Shigella and reveals species-level remodeling during fecal microbiota transplantation.
- 1 724 isolats ont été cultivés à partir d'enfants TSA et témoins, représentant six phylums bactériens.
- Les enfants TSA présentaient une prévalence significativement plus élevée de Shigella flexneri et Shigella boydii.
- 20 souches issues d'enfants TSA et 20 de témoins étaient absentes des grandes biobanques de microbiote intestinal.
Article directement centré sur l'autisme, identifiant Shigella comme taxon associé et montrant un remodelage du microbiote corrélé à l'amélioration clinique lors d'une FMT. Bien que l'échantillon soit modeste et l'étude non randomisée, la création d'une ressource de souches cultivées permet des avancées mécanistiques majeures, justifiant une note élevée.
La taille de l'échantillon est modeste (41 TSA, 12 témoins), ce qui limite la généralisation des résultats. L'étude de FMT n'était pas randomisée et incluait seulement 17 participants, ce qui augmente le risque de biais de confusion. Les mécanismes par lesquels Shigella pourrait influencer les symptômes autistiques n'ont pas été testés fonctionnellement dans cette étude.
Cette étude de culturomique à grande échelle sur des échantillons fécaux de 41 enfants avec trouble du spectre autistique (TSA) et 12 témoins neurotypiques (TD) a généré 1 724 isolats. Les enfants TSA présentaient un microbiote cultivable enrichi en Shigella flexneri et Shigella boydii, tandis que les témoins étaient enrichis en taxons bénéfiques (Bifidobacterium catenulatum, etc.). Chez 17 enfants TSA ayant reçu une transplantation de microbiote fécal (FMT) de 9 semaines, les répondeurs cliniques ont montré une augmentation de la diversité alpha, un enrichissement progressif en taxons associés aux TD (Bacteroides fragilis, Anaerostipes hadrus, etc.) et une réduction marquée des Shigella. L'acquisition de souches de type TD à 9 semaines était fortement corrélée à l'amélioration clinique. Cette ressource de souches cultivées, dont plusieurs absentes des biobanques existantes, permet des tests mécanistiques et constitue une base pour des interventions rationnelles ciblant le microbiote dans l'autisme.
1 724 isolats ont été cultivés à partir d'enfants TSA et témoins, représentant six phylums bactériens. Les enfants TSA présentaient une prévalence significativement plus élevée de Shigella flexneri et Shigella boydii. 20 souches issues d'enfants TSA et 20 de témoins étaient absentes des grandes biobanques de microbiote intestinal. Lors de la FMT, les répondeurs cliniques ont montré une augmentation de la diversité alpha et un enrichissement en taxons bénéfiques associés aux témoins. La réduction de Shigella et l'acquisition de souches de type témoin étaient corrélées à l'amélioration des symptômes autistiques. Les non-répondeurs à la FMT n'ont présenté que des changements minimes du microbiote.
L'identification de Shigella comme taxon associé à l'autisme ouvre la voie à des stratégies de ciblage microbiologique, comme l'utilisation de probiotiques spécifiques ou d'antibiotiques ciblés. Le remodelage du microbiote lors de la FMT, corrélé à l'amélioration clinique, soutient l'utilisation de la FMT comme intervention potentielle pour les troubles du spectre autistique. La collection de souches cultivées permet le développement de tests fonctionnels et d'études gnotobiotiques pour élucider les mécanismes causaux liés au microbiote dans l'autisme.
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