Homologie persistante des réseaux de co-expression génique sanguine révèle une structure de cycle réduite dans le trouble du spectre autistique : une analyse multi-cohorte.Persistent homology of blood gene co-expression networks reveals reduced cycle structure in autism spectrum disorder: a multi-cohort analysis.
- L'homologie persistante du 1-squelette des réseaux de co-expression génique basés sur l'information mutuelle détecte une réduction de la structure des cycles dans le sang périphérique des personnes avec TSA.
- La réduction de la structure cyclique (aire sous la courbe Betti-1) est de 20,4% chez les TSA par rapport aux témoins, après exclusion des sondes SNORD115, la significativité est renforcée.
- Ce résultat est répliqué dans trois cohortes sanguines indépendantes avec une méta-analyse de Stouffer montrant une réplication directionnelle robuste.
Étude multi-cohorte avec réplication indépendante, méthode novatrice (homologie persistante), résultats robustes pour un potentiel biomarqueur sanguin du TSA.
L'étude utilise des données de puces à ADN avec des sondes pouvant être redondantes, même après exclusion des SNORD115. La puissance statistique est faible dans l'analyse du cortex cérébral, ne permettant pas de conclure sur une spécificité tissulaire. Les analyses sont basées sur les 500 gènes les plus variables, ce qui pourrait omettre des gènes importants moins variables.
Cette étude applique l'homologie persistante (analyse topologique des données) aux réseaux de co-expression génique (basés sur l'information mutuelle) à partir de données transcriptomiques de sang périphérique et de tissu cérébral de personnes avec TSA et témoins neurotypiques. Les résultats montrent une réduction significative de la structure des cycles de co-expression dans le sang des personnes avec TSA (réduction de 20,4% de l'aire sous la courbe Betti-1), répliquée indépendamment dans trois cohortes sanguines. Cette réduction persiste après exclusion des sondes redondantes SNORD115. Aucune différence significative n'est observée dans le cortex cérébral, mais la puissance statistique était faible. Les gènes hubs après exclusion des SNORD115 forment un cluster de protéines ribosomiques, suggérant une dérégulation traductionnelle.
L'homologie persistante du 1-squelette des réseaux de co-expression génique basés sur l'information mutuelle détecte une réduction de la structure des cycles dans le sang périphérique des personnes avec TSA. La réduction de la structure cyclique (aire sous la courbe Betti-1) est de 20,4% chez les TSA par rapport aux témoins, après exclusion des sondes SNORD115, la significativité est renforcée. Ce résultat est répliqué dans trois cohortes sanguines indépendantes avec une méta-analyse de Stouffer montrant une réplication directionnelle robuste. Aucune différence significative n'est observée dans le cortex cérébral, mais la puissance post-hoc était seulement de ~36%. Les gènes hubs après exclusion des SNORD115 sont enrichis en gènes de protéines ribosomiques, évoquant une dérégulation traductionnelle.
Cette étude suggère que des biomarqueurs topologiques sanguins pourraient être développés pour aider au diagnostic ou à la stratification du TSA. La réplication multi-cohorte renforce la robustesse du signal, indiquant un potentiel pour des tests sanguins basés sur l'expression génique. La dérégulation traductionnelle mise en évidence pourrait orienter des cibles thérapeutiques.
Élevé